De origen medieval, el edificio que vemos actualmente es producto de reformas y ampliaciones efectuadas en los siglos XVI y XVIII, principalmente. Su interior es de planta de cruz latina con gran nave y bóvedas de terceletes, con cornisa monumental de dos niveles. Nada más entrar, sorprende su gran órgano barroco, obra de Juan de Nagusia. Dedicada originalmente al Salvador, de esta iglesia destaca su retablo mayor, uno de los mejores del romanismo navarro, influenciado por la obra de Miguel Ángel. Se puede apreciar la presencia de numerosos angelotes desnudos, guirnaldas, frontones, volutas, cuerpos musculosos, sinuosos pliegues o gestos terribles. Esculpido por el gran Juan de Ancheta entre 1581 y 1588 (acabado por su discípulo Pedro González de San Pedro en 1592), nos presenta la Ascensión de la Virgen y el Salvador en la calle central, rodeados por escenas en relieve de la infancia y la pasión de Cristo; está rematado por una trinidad (Dios Padre sostiene a Cristo crucificado y bajo ellos, el Espíritu Santo). Además hay que destacar dos figuras a la derecha del retablo. En primer lugar el Cristo del Miserere, el mejor crucificado del romanismo navarro, regalo de Juan de Ancheta a la ciudad y policromado por Juan de Landa. Destaca su mínimo paño de pureza, dispuesto así para poder apreciar las perfectas formas de su anatomía. En segundo lugar, la imagen de piedra policromada de San Sebastián, de mucha devoción en Tafalla al representar al patrón de la ciudad. Obra del siglo XV tallada por el eminente escultor Jean Lome de Tournay, fue encargada por Simón Navaz, secretario del rey Carlos III “el Noble”. Estaba colocada originalmente en la iglesia de San Sebastián, a las afueras de la ciudad, y fue reubicada en este templo en 1833.